aaaaa


GENEL BİLGİLER

Çeşit Kurum İçi Devam Sonuçlanan Proje
Proje Türü TAGEM
Başlangıç Tarihi 1.07.2017 Bitiş Tarihi 31.12.2019

TÜRKÇE

Proje Adı Bean common mosaic virus "TR-180" izolatının patojenisitesi ile ilişkili olabilecek gen bölgelerinin karakterizasyonu Kurumu Zirai Mücadele Merkez Arş. Enst. Müd.
Bütçe 51.000
Özet Bean common mosaic virus (BCMV), farklı patojeniye sahip çok sayıdaki ırkı ile fasulye (Phaseolus vulgaris L.)’de en yaygın virüs türlerinden birisidir. Bu ırklar, fasulye genotiplerine mevcut olan dominant ve resesif dayanıklılık genleri ile farklı farklı etkileşim içerisindedirler. Bu etkileşim, BCMV ırklarının patojenite gruplarının (Patogrup, PG) belirlenmesini sağlamaktadır. Şimdiye kadar belirlenmiş olan BCMV ırkları 7 farklı PG’de toplanmıştır. Bu güne kadar, BCMV izolatlarının patogrup ayrım setindeki reaksiyonları ve tüm genom dizi analizlerinin sonuçları beraber değerlendirilerek, dayanıklılık genleri ile etkileşimde olan viral gen bölgelerinin tahmin edilmesine çalışılmıştır. Bu çalışmada, 2016 yılında Türkiye’de ilk defa rapor edilen ve bilinen BCMV ırklarından farklı bir patojenite profiline sahip olan BCMV izolatının (TR-180) biyolojik, serolojik ve moleküler yöntemler kullanılarak bazı genom bölgeleri (kısmi HC-Pro, CI, NIb ve tüm CP+3' UTR) analiz edilmiştir. Bu bölgelerin, TR-180 izolatının patojenitesi ile muhtemel ilişkilerinin belirlenmesine ve rekombinant bir ırk olup olmadığı konusunda yeni bulgulara ulaşılmasına çalışılmıştır. Çalışmada farklı patojeniteye sahip TR-185 izolatı, kontrol izolat olarak kullanılmıştır. Patogrup ayrım setindeki bitkilere inokulasyondan 3 hafta sonra değerlendirildiğinde, TR-180 izolatının PG VII’de, TR-185 izolatının ise PG VI’de yer aldığı teyit edilmiş ve TR-180 izolatının resesif bc-u, bc-1, bc,12, bc-2 ve bc-22 allelerine sahip bitkileri enfekte edebildiği, ancak dominant I geni içeren bitkileri enfekte edemediği saptanmıştır. Daha sonra, TR-180 ve TR-185 izolatlarının bazı genom bölgeleri (kısmi HC-Pro, CI, NIb ve tüm CP+3’UTR) RT-PCR ile çoğaltılmış, sonrasında klonlanmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. TR-180 (PG VII)’nin aynı patogrupta yer alan dünya izolatları ve farklı patogrupta (PG VI) yer alan TR-185 ve diğer izolatlar ile nükleotid ve amino asit dizileri karşılaştırılmıştır. Bu analizler sonucu, TR-180 izolatının, PG VI ve PG VII izolatları ile %99 benzer olduğu belirlenmiştir. TR-180 kapsid protein (CP) bölgesindeki 222. amino asitte alanin içermesiyle, TR-185 dahil diğer tüm izolatlardan farklılık göstermiştir. Bu çalışmada ayrıca, TR-180 (PG VII)’nin farklı ve aynı patogruba (PG VII) ait diğer izolatlar ile filogenetik ilişkileri incelenmiştir. TR-180'nin PG VI' deki izolatlara genotip olarak; PG VII'deki izolatlara ise hem genotip hem de patotip olarak benzemesi nedeniyle, TR-180’nin bu iki patogruptaki virüs ırklarının muhtemel bir rekombinasyonu sonucunda oluşmuş olabileceği düşünülmüştür. Daha kesin sonuçlara ulaşılması bakımından TR-180 izolatının tüm genom analizi ile ilgili çalışmalara gelecekte devam edilmesi gerektiği sonucuna ulaşılmıştır.


Kurum İçi Kişiler

Kişi Görevi
aliferhan.morca Lider

Kurum Dışı Kişiler

Adı Soyadı Görevi

Ekler

Dosya Adı